Né le 4 août 1967 à Paris, Stéphane Moulin a débuté sa carrière en tant que footballeur avant de se tourner vers une carrière d'entraîneur.

Après avoir dirigé l'équipe réserve d'Angers SCO pendant cinq saisons, il a été nommé à la tête de l'équipe première en 2011.
Sous sa direction, l'équipe a été promue en Ligue 1 en 2015 et a maintenu sa position pendant six saisons consécutives.

Suite à son départ d'Angers SCO, il a rejoint le Stade Malherbe Caen pour deux saisons, où il a réalisé des performances remarquables, terminant à la 7e puis à la 5e place de la Ligue 2.